À la mort de Qui-Gon Jinn sur Naboo, assassiné par Dark Maul, Obi-Wan lui promet de s'occuper de la formation d'Anakin. Une fois Obi-Wan fait Chevalier Jedi, devant l'entêtement de celui-ci et par compassion pour Qui-Gon, Yoda lui donne son accord en affirmant cependant qu'il pressent un grand danger concernant l'enfant. Anakin devient donc officiellement le nouveau padawan d'Obi-Wan...
Dix ans plus tard, Anakin et Obi-Wan sont devenus des Jedi respectés. C'est tout naturellement vers eux que le chancelier Palpatine se tourne pour protéger la sénatrice de Naboo qui est menacée de mort.
Obi-Wan recherche seul les commanditaires d'un attentat contre la sénatrice Padmé. Au cours de ses investigations, il découvre l'existence d'une armée de clones commandée il y a plusieurs années par un ancien maître Jedi, Sifo-Dyas, et prête à être mise au service de la République.
À la poursuite d'un chasseur de primes nommé Jango Fett, impliqué dans l'attentat contre la sénatrice, et également modèle de base de l'armée des clones, Obi-Wan se rend sur la planète Géonosis où il tombe sur le quartier général des séparatistes en train de préparer une insurrection armée contre la République. Avant d'être capturé par le Comte Dooku, chef de ces séparatistes, Obi-Wan a le temps d'envoyer un message à Anakin et au conseil Jedi.
En dépit des instructions d'Obi-Wan, Anakin et Padmé se rendent sur la planète Géonosis où ils sont capturés à leur tour. Ils sont condamnés à mort par les séparatistes et sont sauvés par l'intervention des Jedi, de Yoda et de l'armée de clones, entrée au service de la République par l'entremise des pleins pouvoirs accordés par le sénat au chancelier Palpatine pour vaincre l'insurrection séparatiste.
Libérés, Anakin et Obi-Wan combattent le comte Dooku, mais ils ne sont pas assez puissants face au seigneur Sith. Yoda vient à leur secours mais ne parvient pas à empêcher le Comte de s'enfuir vers Coruscant pour retrouver son maître Dark Sidious.
Obi-Wan entre au Conseil Jedi après la bataille de Géonosis ; en effet, le Maître Jedi Coleman Trebor, qui avait pris la place de membre à vie de Yarael Poof suite au décès de ce dernier, a été tué durant la bataille de Geonosis. Obi-Wan remplace donc à son tour Coleman au Conseil Jedi.
Obi-Wan est désormais un général respecté par tous. Avec l'aide d'Anakin, il part à la rescousse du Chancelier Palpatine, capturé par le général Grievous. Le comte Dooku s'en mêle et parvient à neutraliser Obi-Wan mais perd face à Anakin qui l'exécute.
Obi-Wan part ensuite pour Utapau, où il abat Grievous avant de s'enfuir sous le feu de ses propres soldats (l'ordre 66 a été déclaré). Il retourne sur Coruscant où lui et Yoda se rendent compte que tous les occupants du Temple Jedi ont été exterminés. L'horreur est à son comble lorsqu'il apprend que l'assassin n'est autre que le seigneur Sith Dark Vador alias Anakin Skywalker!! Il va voir Padmé mais ne peut rien apprendre d'elle et décide de l'espionner.
Obi-Wan, dissimulé dans le vaisseau de Padmé retrouve Vador sur la planète Mustafar. Croyant être trahi, le Sith l'étouffe et elle s'effondre, inanimée. Il s'ensuit un combat dévastateur entre Obi-Wan et son ancien disciple. Cependant, Vador,sûr de lui tente un mouvement suicidaire en sautant sur la plate forme. Obi-Wan n'a d'autres choix l'attaque, lui tranchant les jambes et un bras de celui qu'il considérait comme son frère. Obi-Wan fait ses adieux à son ancien ami, et lorsque ce dernier s'embrase, repart vers son vaisseau, laissant Vador en le croyant mort.
Par la suite, Padmé, sauvée par Obi-Wan, met au monde les jumeaux Leia et Luke, avant de périr. Elle annonce à Obi-Wan sur son lit de mort qu'il y a encore du bon en Anakin.
Obi-Wan se réfugie sur Tatooine pour confier à Beru et Owen Lars le nouveau-né Luke Skywalker. Il s'installe alors en ermite dans une vallée pour veiller discrètement sur Luke, et communiquer avec son ancien maître Qui-Gon Jinn grâce à une technique que lui a révélée Yoda.
Apparitions(épisodes:1,2,3,4,5 et 6)
Couleur de sabre : Bleu